2006年开始设立儿科消化组，2009年建立小儿消化专科，包括住院部、消化科门诊、儿童消化内镜室。现病区有主任医师2名、主治医师3名，病区开放床位67张，专科年门诊量2-3万人次。在儿童消化系统疾病如各种食管炎、急慢性胃炎、消化性溃疡、炎症性肠病、急性重症胰腺炎、短肠综合征，各种婴儿胆汁淤积性肝病等的诊疗走在中山市前列。积极进行儿童食物过敏临床研究，推动儿童食物过敏相关性胃肠病的规范诊疗，前学科带头人付四毛教授参与撰写2017版《食物过敏相关消化道疾病诊断与管理专家共识》。

儿童消化内镜室达四级内镜要求，包括儿童胃镜、结肠镜检查及内镜下治疗，并可完成新生儿内镜检查及内镜下治疗。2005年开展小儿胃镜检查，填补当时中山市儿童内镜检查的空白。除了常规儿童内镜三级诊疗技术外，开展了经皮内镜下胃造口置管术、婴儿内镜下异物取出术、婴幼儿结肠镜诊疗术、结肠镜下巨大息肉摘除术、新生儿胃肠镜诊疗技术、内镜下钛夹放置术、食管狭窄内镜下扩张术、内镜下粘膜切除术（EMR）等儿童四级胃肠镜诊疗技术。最小胎龄、最小体重的胃镜检查为生后1周内体重1.4Kg的32周早产食管重复畸形患儿。

同时开展24小时食管pH值监测、经皮B超引导下肝脏病理活检、13碳尿素呼气试验、人体成分测定仪监测人体成分等。

建立临床营养支持小组（NTT），通过经皮胃镜引导下胃造瘘术、胃镜引导下空肠置管术等方法，开展短肠综合症、急性重症胰腺炎、吞咽障碍性疾病等的肠内肠外营养治疗并取得良好效果，使中山市的新生儿及婴幼儿短肠综合症的患儿预后得到明显改善。

诊断及治疗了多种儿童感染性、遗传代谢性肝病，如NICCD、半乳糖血症、阿拉基综合征、家族性进行性肝内胆汁淤积症、糖原累积症4型、自身免疫性肝炎、药物导致急性肝衰竭等。

2020年，小儿代谢内分泌专业组并入，本院具有完善的实验室检查条件，包括先进的全自动免疫荧光分析仪、全自动化学发光分析仪、串联质谱分析仪、高效液相色谱仪，可检测各种与生长发育异常相关的激素；并联合第三方检验机构，可进行各种矮小、生长发育异常和遗传-代谢-内分泌缺陷病的分子检测和诊断。在内分泌疾病以及常见遗传代谢病方面包括矮小症、性早熟、小阴茎、甲状腺疾病、肥胖症、多毛症、糖尿病及低血糖症、肾上腺疾病、尿崩症、甲状旁腺疾病、常见性腺疾病、肝豆状核变性、糖原累积病、苯丙酮尿症、粘多糖病、肾小管酸中毒等疾病的诊治以及遗传咨询具有丰富临床经验。尤其矮小症、性早熟、甲状腺疾病的规范治疗及小儿糖尿病、肾小管酸中毒的规范管理技术成熟，达到国内先进水平。